Apesar da importância do ascetismo, Filon limita seu alcance ao introduzir os conceitos de virtude por natureza e virtude por instrução, mostrando que o esforço humano não é a única via para a perfeição e que a graça divina tem um papel decisivo.
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A tese de que a alma é moralmente neutra (nem boa nem má por natureza) e de que o corpo é um princípio de impureza e pecado entra em contradição com a afirmação da existência de uma virtude natural, que o homem possuiria sem esforço nem ensino.
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Para resolver essa contradição, Filon distingue dois sentidos de “sábio por natureza”: em um primeiro sentido, ele designa um modo de ser (tropos) da alma humana, caracterizado pela posse espontânea da virtude; em um segundo sentido, ele designa um ser real, mas esse ser não é mais um homem, e sim a inteligência pura que já habita o mundo inteligível.
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O sentimento de alegria (chara) que acompanha a virtude não é um resultado do esforço humano, mas um dom divino, uma graça que penetra na alma de forma inesperada, sendo incompatível com o estado mortal e só podendo ser gerada pela alma incorruptível que se elevou acima de todo elemento mortal.
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A teoria da graça em Filon ainda é incipiente, mas já se pode perceber a tensão fundamental que marcará as discussões posteriores: se a graça é um dom gratuito que não depende do mérito, ou se ela pressupõe uma capacidade natural de recebê-la.
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O “sábio por natureza”, como ser real, é identificado com o homem celeste ou divino, a inteligência pura que não tem nenhum vínculo com o corpo e que representa o ideal estoico do sábio, mas transportado para um mundo superior, funcionando como um intermediário entre Deus e os homens.
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A virtude por instrução (mathesis) é discutida por Filon no contexto do valor das disciplinas encíclicas (gramática, geometria, astronomia, retórica, música), que constituíam a educação grega superior de sua época.
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Filon critica os sofistas (professores) que fazem da retórica um fim em si mesma, confundindo o discurso eloquente com a sabedoria prática, e também critica a erudição vazia (polimatia) dos especialistas que acumulam conhecimentos sem qualquer aplicação moral.
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As disciplinas encíclicas são justificadas por Filon como uma propedêutica necessária para os jovens, que ainda não estão preparados para receber diretamente o ensino da virtude; elas são como um caminho (hodos) ou um vestíbulo (propylon) que conduz à filosofia, mas não têm valor em si mesmas.
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A filosofia, para Filon, é essencialmente o sistema estoico, definido como a ciência das coisas divinas e humanas e de suas causas, dividida em lógica, física e ética; seu objeto próprio é o cosmos, e sua finalidade é moral, pois a contemplação da natureza celeste desperta no homem o desejo da ordem e o eleva acima dos bens exteriores.
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No entanto, a filosofia é apenas um degrau na escada da sabedoria, pois ela não pode ultrapassar o cosmos para alcançar o mundo inteligível e a causa suprema, que só são acessíveis pela intuição mística.