A teologia de Filon apresenta uma oposição aparente entre determinações abstratas da natureza divina e determinações concretas e morais de Deus.
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De um lado, Deus é descrito como o ser em si, o gênero supremo, o melhor dos seres, o primeiro bem e o sol inteligível do sol sensível.
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Deus é caracterizado como uma natureza simples, sem mistura e sem composição, uma vez que qualquer acréscimo a Deus resultaria em sua diminuição e corruptibilidade.
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A argumentação para a simplicidade divina, que aparece no livro II das Alegorias, baseia-se na ideia de que qualquer elemento acrescentado à natureza de Deus seria inferior a ele e o tornaria pior.
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De outro lado, Deus é apresentado como a força que dirige o universo e a alma humana, sendo descrito como a inteligência ou a alma do universo que o preenche e penetra inteiramente.
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Deus recebe os caracteres do sábio estoico, sendo chamado de o único sábio, o chefe da grande cidade do universo, o estrategista, o piloto, o cocheiro e o prítano do universo.
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Deus também é nomeado com epítetos populares gregos, como salvador, portador de vitória e benfeitor, e com epítetos judaicos, como benevolente, amigo dos homens, bom, rei dos reis e juiz incorruptível.