Filon conhece e critica os cultos naturalistas de sua época, que divinizavam o mundo ou suas partes, mas acaba por transformar o cosmos em um intermediário entre o Deus supremo e a alma humana.
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Os cultos cósmicos são vistos por Filon como a forma superior do politeísmo, inspirada pela alegoria estoica que via nos deuses populares os símbolos das partes do mundo.
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O culto dos elementos, que podia estar presente em círculos judaicos, é citado por Filon, mas sua significação principal é a de uma alegoria estoica que aproxima os elementos dos deuses populares.
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O culto astrológico (caldeísmo) é tratado com grande benevolência por Filon, que o considera como o primeiro degrau da sabedoria, uma ciência que investiga os seres celestes e cujo estudo pode conduzir a alma à filosofia.
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Embora Filon apresente objeções ao determinismo astrológico, ele admite o princípio da adivinhação pelos astros e rejeita os argumentos céticos contra a astrologia, como o das mortes simultâneas.
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A verdadeira crítica de Filon aos cultos cósmicos não é dialética, mas consiste em descrever o movimento interior da alma que, partindo do sensível (como Abraão, que era caldeu), ascende em direção ao mundo inteligível e a Deus.
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O cosmos, assim como o Logos, é transformado por Filon em um ser moral que rende culto a Deus, dita leis de conduta ao homem e oferece benefícios ou castigos.
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O mundo é descrito como um templo, um animal racional filósofo por natureza, um vingador dos maus e uma potência benfazeja que manifesta a graça divina através de seus elementos e leis.
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Filon absorve o cosmopolitismo estoico, fazendo do mundo a grande cidade e da lei da natureza o guia da legislação judaica, enquanto o sábio é aquele que se torna cidadão do mundo e igual em dignidade ao cosmos.
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A doutrina dos intermediários em Filon não serve para explicar a impossibilidade de Deus agir diretamente no mundo, mas sim a impossibilidade da alma humana imperfeita de alcançar a Deus diretamente, oferecendo-lhe graus intermediários de culto.