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A produção principal de Clemente organiza-se em uma trilogia que visava constituir uma teologia completa, abrangendo as dimensões apologética, moral e dogmática, conforme o plano delineado no Paidagogos que previa uma progressão do convencimento inicial à instrução especulativa final.
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O Protreptikos pros Ellenas, ou Exortação aos Gregos, constitui uma apologia em doze capítulos que expõe a falsidade das crenças pagãs e a impotência da filosofia em fornecer um ensinamento suficiente sobre Deus, concluindo que a verdade integral deve ser buscada nos profetas e em Jesus Cristo através de uma forma literária refinada.
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O Paidagogos, dividido em três livros, inicia-se com uma disputa contra os falsos gnosticos que tratavam os católicos comuns como nepioi, ou crianças incapazes de perfeição, ao que Clemente argumenta que, pelo batismo, todos são filhos de Cristo e que tal iluminação contém o germe da perfeição, sendo a verdadeira
gnosis apenas o desenvolvimento da fé sob a influência educativa do
logos.
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Nos livros subsequentes do Paidagogos, Clemente assume o papel de moralista prático, analisando as circunstâncias da vida cotidiana e oferecendo conselhos sobre virtude, higiene e polidez, distanciando-se de teorias morais abstratas em favor de ilustrações realistas destinadas a guiar a conduta cristã em um mundo secular.
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Stromata, cujo título completo remete a tapeçarias de memórias gnosticas sobre a verdadeira filosofia, não apresenta uma exposição didática dogmática conforme o esperado de um tratado intitulado O didaskalos, mas funciona como uma coleção de miscelâneas e esboços que buscam retratar a perfeição cristã personificada no verdadeiro gnostico.
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Os sete livros remanescentes de Stromata, e os materiais de um possível oitavo, abordam desde a permissividade do estudo da filosofia grega e das ciências pelos cristãos até as relações entre fé e gnosis cristã, tratando ainda do matrimônio, do martírio, do uso de símbolos e alegorias e, de modo mais belo e interessante, da vida religiosa do cristão perfeito.